(http://www.vivaolinux.com.br/dica/Deixar-as-janelas-transparentes-usando-Compiz/)
Vamos utilizar um efeito do Compiz, para deixar as janelas transparentes, na verdade vai alem das janelas, pois até os vídeos em execução ficam transparente.
Pré-requisitos:Compiz -> instalado e habilitado.
CCSM (Gerenciador de Configurações do Compiz) instalado.
Configurando:
Com o Compiz habilitado, vamos abrir o CCSM para fazer as devidas configurações:
Abra um terminal e digite:$ccsm
Com o CCSM aberto, vá na opção "Acessibilidade", depois vá em "Opacidade, Brilho e Saturação":

Para habilitar, basta marcar a opção "Habilitar Opacidade, Brilho e Saturação":

Depois tem que configurar os efeitos de Opacidade, que efetivamente vão deixar as janelas transparentes, para isso, vá nas configurações de "Window specific settings" clique em "Novo" e na janela que se abre no "Window values" coloque um valor para a opacidade das janelas (eu uso 95) já no campo "Window" digite "name=":

Pronto as suas janelas já devem está transparente.

Abraços a todos!